蛋白质分离器又名泡沫分离器，它使用气体的张力来吸附水中小颗粒的悬浮物。蛋白质分离器的主体是一个反响桶，反响桶的下部一般设备有一个造泡设备，它会发生很多极细的气泡，气泡由于浮力的效果一向上升，在上升的过程中能将水中悬浮物携带到反响桶的顶部，再从溢泡管中溢出，从而到达撇除水中的悬浮物颗粒的意图。
由于水中的悬浮物大部分为有机物和含有有机氮，所以蛋白质分离器能够将这些物质在被细菌分化之前去除，防止这一些物质转发成氨氮或硫化氢等对水生生物有害的可溶物，因而蛋白分离器又被称作化氮器。
蛋白质分离器的结构比较特别，因而它能撇除的悬浮物颗粒规模有20-80um，而颗粒更大的悬浮物使用其他过滤设备事前过滤掉。